Nel 2001 è nel cast de Il nemico alle porte di Jean-Jacques Annaud, nel 2003 ricopre il ruolo del protagonista nel film Luther – Genio, ribelle, liberatore e nel 2004 recita al fianco di Al Pacino ne Il mercante di Venezia.
Nel 2006 lavora in Correndo con le forbici in mano con Annette Bening e in Il colore della libertà – Goodbye Bafana di Bille August. Nel 2009 è protagonista della serie televisiva FlashForward.
Nel 2012 viene scelto nel cast della seconda stagione della serie antologica American Horror Story. Dal 2017 è tra gli interpreti principali della serie tv The Handmaid’s Tale, in cui ricopre il ruolo del comandante Fred Waterford, per il quale nel 2018 ottiene una candidatura agli Emmy Awards.
Nell’agosto del 2009 Joseph Fiennes. si è sposato in Italia, più precisamente a Barga, con la modella svizzero-iberica Maria Dolores Dieguez. Tra il 2010 e il 2011 la coppia ha avuto due bambine, Sam, nata l’8 marzo 2010, e Isabel, nata il 29 dicembre 2011.
Trailer ‘Risorto’; fonte video: Youtube/SonyPicturesIT